Au cours d'une sortie, les Tortues Ninja egarent la toute derniere invention de Donatello. Manque de chance, celle-ci tombe entre de mauvaises mains, et un nouveau mechant fait son apparition a New York. Pour proteger la ville et reparer leur erreur, les quatre freres vont devoir appliquer les preceptes ninjas que leur a appris Maitre Splinter !